ลายนิ้วมือมากมายที่ถูกบันทึกรวบรวมเอาไว้ในการสแกนลายนิ้วมือจะเป็นข้อมูลที่กว้างทั้งการระบุตัวตน การควบคุมการ การทำใบขับขี่ระบบจดจำส่วนใหญ่เป็นระบบอัตโนมัติที่ต้องใช้ลายนิ้วมือจับคู่กับลายนิ้วมือในฐานข้อมูลจำนวนมากเพื่อประหยัดเวลาในการค้นหาจับคู่ลายนิ้วมือ ซึ่งมีความซับซ้อนที่จะทำการคำนวณจึงมีความจำเป็นที่จะต้องมีการแยกแยะลายนิ้วมือเหล่านั้นในลักษณะที่เป็นหมวดหมู่ที่มีความสอดคล้องกันเพื่อเวลาในการสแกนลายนิ้วมือนั้นจะต้องถูกจับคู่กับชุดย่อยเฉพาะของลายนิ้วมือในฐานข้อมูล แทนที่จะตรวจสอบจากฐานข้อมูลทั้งหมดที่มีอยู่ในระบบ

การแยกแยะลายนิ้วมือนั้นเป็นเทคโนโลยีในการกำหนดลายนิ้วมือเป็นรูปแบบที่กำหนดไว้ล่วงหน้าหลายๆรูปแบบ และทำการจัดหมวดหมู่โครงสร้างให้สามารถจัดการดัชนีได้ การแยกแยะลายนิ้วมือสามารถมองได้อีกเป็นการจับคู่ของลายนิ้วมือแบบหยาบ สแกนลายนิ้วมือขั้นตอนแรกจะถูกจับคู่แบบหยาบๆไปก่อนในครั้งแรกในรูปแบบที่กำหนดไว้ล่วงหน้า และระดับต่อไปจะละเอียดยิ่งขึ้น ลายนิ้วมือที่ได้รับจะถูกส่งไปเปรียบเทียบกับส่วนย่อยต่างๆภายในฐานข้อมูลที่มีหลายนิ้วมือรูปแบบประเภทเดียวกันอยู่ โดยการกลั่นกรองจากส่วนกลางและจุดรับฝากของตัวกรอง ข้อมูลที่ได้นั้นจะถูกส่งไปสร้างรหัสลายนิ้วมือซึ่งขั้นตอนนี้จะถูกสร้างเพื่อการนำไปจัดหมวดหมู่ จะมีความถูกต้องและน่าเชื่อถือถึง 90เปอร์เซ็น แต่ถ้าหากผลการเปรียบเทียบนั้นออกมาได้น้อยกว่า 20เปอร์เซ็น สแกนลายนิ้วมือก็จะถูกปฏิเสธ