1.ลายนิ้วมือ

ข้อนี้เป็นปัญหาที่พบบ่อยมากในการใช้งานเครื่องสแกนลายนิ้วมือ สิ่งที่เกิดขึ้นจากบางคนที่มีลายนิ้วมือที่ไม่ชัดเจนซึ่งมือเหตุผลที่จะเกิดขึ้นได้หลายสาเหตุเช่น การแพ้สารเคมีอย่างรุนแรงทำให้นิ้วมือลอก งานที่ทำให้นิ้วมือเป็นแผลอยู่บ่อยๆ เช่นคนงานก่อสร้าง คนโรงเลือย โรรงใยแก้วนำแสง เศษขี้เลื่อยจะทำให้เกิดปัญหาขึ้นกับหัวอ่านหรือแม้ปัญหาที่เกิดขึ้นกับตัวลายนิ้วมือของผู้ใช้เอง ที่ทำให้ภาพลายนิ้วมือไม่ค่อยชัด ผลที่เกิดขึ้นทำให้ภาพมีขนาดของเส้นที่เล็กและรายละเอียดน้อย

2.ผู้ใช้งาน

ความผิดพลาดที่เกิดขึ้นกับผู้ใช้นั้นอาจเกิดจากการอบรมที่ไม่เพียงพอเป็นองค์ประกอบสำคัญที่สามารถก่อให้เกิดผลต่อการสแกนและผลลัพธ์ที่ใส่เข้าไปในระบบ ถ้าข้อมูลที่เข้าไปผิดพลาดก็เป็นสาเหตุให้เกิดความผิดพลาดได้ การฝึกอบรมถึงวิธีการใช้งานตัวเครื่องสแกนนิ้วมือนั้นทำให้เกิดความผิดพลาดในส่วนนี้ลดลงได้

3.คุณภาพการเก็บข้อมูล

การเก็บภาพลายนิ้วมือไว้ในฐานข้อมูลนั้นมีผลต่อพื้นที่การจัดเก็บหมดไปอย่างรวดเร็วหากผู้ดูแลต้องการเก็บรักษาไฟล์ของคนที่ได้ใช้งานเครื่องสแกน ตัวจัดเก็บข้อมูลหรือสำรองข้อมูลต้องมีขนาดที่เพียงพอ และมีตัวจัดเก็บที่มีระบบป้องกันภัยได้เพื่อป้องกันกรณีที่ข้อมูลสูญหายหรือหายจากระบบขัดข้อง โดยทั่วไปถ้าระบบเล็กๆเช่นระบบ AccessControl ในระบบปิดจะไม่ค่อยพบปัญหาเพราะมีการจำกัดจำนวนผู้ใช้โดยหน่วยความจำของเครื่องสแกนนิ้วมืออยู่แล้วโดยเครื่องจะมี CPU กับ Memoryอยู่ในตัวอยู่แล้วแต่ปัญหานี้จะเปิดขึ้นการระบบเปิดซึ่งเป็นระบบที่มีขนาดที่ใหญ่กว่าเช่น การบันทึกลายนิ้วมือของคนทั้งเมือง หรือทั้งประเทศในการทำบัตรประชาชนหรือการทำหนังสือเดินทาง เป็นต้น

4.การดูแลบำรุงรักษาอุปกรณ์

คราบเปื้อนที่ติดอยู่กับอุปกรณ์ที่เกิดขึ้นจากการใช้งานในสภาพแวดล้อมที่ไม่เหมาะสม อาจเป็นสาเหตุที่ทำให้เครื่องสแกนนิ้วมือทำงานผิดพลาดได้ คราบเปื้อนที่เกิดขึ้นควรจะได้รับการทำความสะอาดอย่างสม่ำเสมอ เพราะอย่าจะทำให้รูปภาพการสแกนนั้นคุณภาพต่ำลงหากเครื่องมีผู้ที่ต้องใช้งานหลายคนควรจะมีการทำความสะอาด หากเกิดคราบสะสมอย่างต่อเนื่องอาจส่งผลให้ผู้ที่มาใช้งานภายหลังอาจไม่สามารถใช้งานได้โดยปกติแล้วควรดูแลรักษาอย่างถูกต้องตามคู่มือการใช้งาน เช่น ควรจะเช็ดมือให้แห้งก่อนการใช้งาน ในส่วนของผู้ดูแลควรจัดการซ่อมบำรุงตัวเครื่องโดยการทำสัญญาการดูแลรักษากับบริษัทผู้จัดจำหน่ายจะทำให้ไม่ค่อยมีปัญหาในการดูแลรักษาตัวเครื่องตามระยะเวลาอย่างแน่นอน ควรจะดูแลรักษาเพื่อไม่ให้เกิดสิ่งสกปรกหรือคราบสะสบที่ตัวเครื่องได้และจะทำให้เครื่องสแกนนิ้วมือมีอายุการใช้งานที่มากขึ้น